AF3擅长预测静态结构,但难以捕捉蛋白质在各种环境中所采取的全部构象。它可以模拟DNA和组蛋白在细胞核内的动态过程,但对于完全模拟核过程的动态性,包括DNA与组蛋白的相互作用,仍有限制。